Usaldusväärne partner toidukäitlejale ja loomaomanikule

Mikroorganismide identifitseerimine ja tüpeerimine

VTL-i Tartu laboris on loodud võimalused mikroorganismide täiendavaks identifitseerimiseks ja tüpeerimiseks.

  • Bakterite identifitseerimine MALDI-TOF MS-ga (maatriksi assisteeritud laserdesorptsioon-ionisatsioon  lennuaja massispektromeetriaga)
  • Serotüpeerimine. Salmonella spp. serovaride määramiseks on kasutusel konventsionaalne ja molekulaarne serotüpeerimine. Listeria monocytogenes´e, Escherichia coli, Yersinia enterocolitica serotüpeerimiseks kasutatakse bakterite täisgenoomsel sekveneneerimisel põhinevaid andmeid.
  • L. monocytogenes´e, Salmonella spp., patogeense E. coli, Yersinia enterocolitica, Campylobacter spp. jt haigustekitajate täisgenoomsel sekveneerimisel (WGS) põhinevad tüpeerimisuuringuid kasutatakse:
    • toidutekkeliste haiguspuhangute ülekandeteede ja allikate kindlakstegemiseks
    • tootmisliinide saastumise kindlakstegemiseks L. monocytogenes bakteriga
    • virulentsus- ja resistentsusgeenide tuvastamiseks 
  • Shiga-toksiine tootva Escherichia coli toksiini alatüüpide ja teiste virulentsusgeenide tuvastamine haigustekitaja potentsiaalse tõvestusvõime hindamiseks
  • Teiste Escherichia coli patotüüpide (EPEC, EAEC, ETEC, EIEC) tuvastamine
  • Keeritsusside (Trichinella spp.) liigiline määramine

Kontaktid:
Toidumikrobioloogia osakond. Maiu Kuningas: maiu.kuningas@vetlab.ee
Molekulaaranalüüsi osakond. Annika Vilem: annika.vilem@vetlab.ee 

Lisainfo:
EFSA Scientific Opinion (2019). Whole genome sequencing and metagenomics for outbreak investigation, source attribution and risk assessment of food-borne microorganisms. 
https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.2903/j.efsa.2019.5898